Với tính năng hẹn giờ xóa tin, người dùng có thể quyết định quãng thời gian mà một tin nhắn nào đó tồn tại. Facebook cho thiết lập thời gian này theo phút, ngày, tháng, hoặc thậm chí là năm. Khi quá thời hạn, người nhận tin nhắn sẽ không còn được thấy. Người nhận tin sẽ được thông báo bằng một đoạn văn bản bên dưới tin nhắn, nói rằng "bạn đã bật tính năng tin nhắn tự hủy", bên cạnh đó là thời gian còn lại trước khi tin bị xóa.
Một số ứng dụng chat hiện nay cũng có tính năng tương tự: Cho người gửi xóa tin ở thiết bị người nhận. Có thể kể ra các dịch vụ như vậy gồm: Viber, BBM của BlackBerry, hay Yahoo Messenger.
Ngoài ra, Facebook cũng đang phát triển tính năng "chat bí mật" cho Messenger. Những đoạn mã tiết lộ về "chat bí mật" trên thực tế đã rò rỉ hồi tháng 3, trong bản Messenger 67.0 cho iOS, tuy nhiên, nó hiện vẫn đang nằm trong vòng bí mật chứ chưa ra mắt rộng rãi. Tính năng này hạn chế người dùng vào một thiết bị duy nhất, và cuộc trò chuyện sẽ được mã hóa cả 2 chiều.
Người dùng các dịch vụ qua Internet hiện nay ngày càng quan tâm đến quyền riêng tư của mình, do đó, Facebook và các công ty Internet khác đang phải liên tục thay đổi để đáp ứng nhu cầu. Trước đó, Facebook công bố mã hóa cho Whatsapp - ứng dụng nhắn tin mà hãng bỏ ra tới 19 tỷ USD để thâu tóm hồi năm 2014.