Bệnh viện Đa khoa tỉnh là một trong 3 bệnh viện được UBND tỉnh Hà Tĩnh phê duyệt phương án tự chủ
Về cơ cấu tổ chức, các bệnh viện được quyết định thành lập hoặc tổ chức lại các khoa, phòng trên cơ sở tổ chức bộ máy đã được UBND tỉnh phê duyệt.
Theo đó, Bệnh viện Đa khoa tỉnh có 1 giám đốc và tối đa không quá 3 phó giám đốc; có 10 phòng chức năng và 32 khoa chuyên môn. Bệnh viện Phục hồi chức năng tỉnh có 1 giám đốc và tối đa không quá 2 phó giám đốc; có 4 phòng chức năng và 8 khoa chuyên môn. Bệnh viện Y học cổ truyền tỉnh có 1 giám đốc và tối đa không quá 2 phó giám đốc; có 4 phòng chức năng và 7 khoa chuyên môn.
Với phương án tự chủ, các bệnh viện được quyết định vị trí việc làm và cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp và số lượng người làm việc
Với phương án tự chủ, các bệnh viện được quyết định vị trí việc làm và cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp và số lượng người làm việc phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao; phù hợp với định mức quy định tại Thông tư liên tịch số 08/2007/TTLT-BYT-BNV ngày 5/6/2007 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ hướng dẫn định mức biên chế sự nghiệp trong các cơ sở y tế nhà nước sau khi được Sở Y tế thẩm định, trên cơ sở đảm bảo thu nhập cho số lượng người làm việc tăng thêm.
Các bệnh viện được phê duyệt tổ chức thực hiện phương án tự chủ và phải chịu hoàn toàn trách nhiệm trước UBND tỉnh, Sở Y tế, các sở, ngành liên quan và trước pháp luật. Định kỳ 6 tháng, năm, báo cáo tình hình triển khai thực hiện về UBND tỉnh, Sở Y tế, Sở Nội vụ, Sở Tài chính và các cơ quan có thẩm quyền theo quy định.