Phút bù, khi Hồng Lĩnh Hà Tĩnh đang bị dẫn 2-1, Vũ Quang Nam đi bóng qua bộ đôi Wilson và Nguyễn Đức Anh rồi bị Trương Văn Thái Quý kéo ngã trong vòng cấm.
Trọng tài Lê Đức Cảnh không thổi phạt 11m trong tình huống này, khiến BHL Hồng Lĩnh Hà Tĩnh bức xúc. HLV Nguyễn Thành Công cùng các trợ lý lao vào sân phản ứng quyết liệt, nhưng không thay đổi được tình hình. Hai trợ lý Nguyễn Thanh Thế và Đỗ Hoàng Dương còn phải nhận thẻ vàng. Chỉ hai phút sau đó, BHL Hồng Lĩnh Hà Tĩnh thêm một lần bức xúc khi trọng tài bắt việt vị với Vũ Quang Nam. Trợ lý Lê Quốc Vượng phải nhận thẻ vàng vì phản ứng.
"Không phải chúng tôi thua rồi đổ lỗi, nhưng có vài quyết định của trọng tài không hợp lý. Nhất là lần cầu thủ của tôi bị ngã trong vòng cấm, đó có thể là lỗi 11m. Tình huống thổi việt vị cũng không hợp lý vì Quang Nam chưa việt vị", ông Đức Thắng nói với giọng bức xúc sau trận đấu trên sân Hàng Đẫy ngày 12/3. "Nếu có VAR, tình huống Quang Nam bị kéo ngã sẽ có phạt đền".
Hồng Lĩnh Hà Tĩnh chơi không tốt trong hiệp một, để Hà Nội FC lấn lướt và dẫn trước hai bàn bởi các pha lập công của Denilson Junior và Tagueu Joel. Sang hiệp hai, HLV Nguyễn Thành Công tung Trần Phi Sơn và Nguyễn Văn Bửu vào sân thay Viktor Lê và Nguyễn Trung Học, giúp đội khách kiểm soát tuyến giữa tốt hơn. Họ rút ngắn tỷ số còn 1-2 phút 85 nhờ công hậu vệ Vũ Viết Triều. Về cuối, Hồng Lĩnh Hà Tĩnh dồn toàn lực tấn công, đẩy Hà Nội FC vào thế chống đỡ vất vả và làm nảy sinh những tình huống tranh cãi.
"Đây là trận đấu loại trực tiếp. Toàn đội rất quyết tâm và khát khao. Chúng tôi nỗ lực để tiến sâu nhất có thể. Nhưng kết quả cuối cùng không tốt", Phó Giám đốc Điều hành CLB, trợ lý HLV Nguyễn Đức Thắng nói thêm.
Thua 1-2, Hồng Lĩnh Hà Tĩnh phải dừng bước ở Cup Quốc gia. Trong khi đó, dù Hà Nội FC vào tứ kết, HLV Daiki Iwasama vẫn chỉ trích đối thủ. Ông nói: "Trận này Hồng Lĩnh Hà Tĩnh có nhiều pha vào bóng rất nguy hiểm. Bóng đá là môn thể thao có luật. Tôi muốn cầu thủ chơi đơn giản, hạn chế tranh chấp quá quyết liệt".
Ông Iwasama cũng không hài lòng về trọng tài. Nhà cầm quân Nhật Bản cho rằng có quá nhiều vấn đề trong khâu điều khiển trận đấu, nhưng từ chối nói chi tiết để tránh bị phạt. Trên sân Hàng Đẫy, HLV này phải nhận một thẻ vàng vì lỗi phản ứng ở phút 84.