Theo báo cáo bổ sung, đơn vị này đề xuất 2 phương án thu phí bảo trì đường bộ gồm: thu phí sử dụng đường bộ qua giá xăng, diesel tiêu thụ và thu trực tiếp theo đầu phương tiện ôtô, xe gắn máy theo tháng. Ngành giao thông cũng đề nghị Thủ tướng lựa chọn phương án thu phí trực tiếp theo đầu phương tiện sử dụng đường bộ thay cho cách thu qua xăng dầu và qua trạm thu phí như hiện nay. Nếu được chấp thuận, ôtô sẽ chịu mức phí từ 180.000 - 1,44 triệu đồng/tháng (tùy loại xe), môtô, xe máy chịu phí từ 80.000 - 150.000 đồng/tháng (tùy loại xe).
Bộ GTVT cho rằng, thu phí theo đầu phương tiện là không bị nhầm đối tượng, chỉ có phương tiện giao thông đường bộ mới phải chịu phí, đảm bảo công bằng giữa các đối tượng chịu phí, đồng thời ít gây áp lực với việc tăng giá cả hàng hóa và phù hợp trong điều kiện cụ thể của nước ta.
Nhược điểm của phương án này là việc thu phí với môtô, xe máy đang lưu hành có khó khăn nên khả năng sẽ có thất thu với đối tượng này; nếu thu phí ôtô thì những ôtô đăng ký mới phải nộp phí lần đầu từ 2,5 - 3 năm lưu hành theo chu kỳ cấp giấy chứng nhận đăng kiểm.
Bộ GTVT cũng cho biết, nếu thực hiện thu phí với ôtô thì sẽ thu theo tháng và kiểm soát thông qua công tác kiểm tra định kỳ về an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường.
