Việc sắp xếp này được thực hiện theo Quyết định số 1782/QĐ-TCHQ của Tổng cục Hải quan về việc quy định cơ cấu tổ chức của các chi cục, tổ, đội trực thuộc Cục Hải quan Hà Tĩnh.
Doanh nghiệp mở tờ khai tại Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Vũng Áng
Theo đó, Cục Hải quan Hà Tĩnh đã giải thể Chi cục Hải quan Khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo. Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Xuân Hải, Chi cục Hải quan Hồng Lĩnh, Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Đội kiểm soát Hải quan và Đội Kiểm soát phòng, chống ma túy không tổ chức cấp đội/tổ trực thuộc.
Còn lại, Chi cục Hải quan Cửa khẩu quốc tế Cầu Treo cơ cấu 4 đội và tổ: Đội Tổng hợp; Đội Thủ tục hàng hóa xuất nhập kẩu; Đội Kiểm tra và giám sát hải quan; Tổ kiểm soát Hải quan. Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Vũng Áng cơ cấu 3 đội: Đội Tổng hợp, Đội nghiệp vụ Hải quan, Đội nghiệp vụ Hải quan cảng Sơn Dương.
Chi cục Hải quan Hồng Lĩnh cùng nhiều đơn vị hiện không còn đội/tổ trực thuộc
Song song với tinh gọn bộ máy, Cục Hải quan Hà Tĩnh cũng triển khai nhiều đề án cải cách, ứng dụng CNTT hỗ trợ tra cứu, giải quyết thủ tục. Nhờ đó, đơn vị vẫn đảm bảo nhiệm vụ, tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu và yêu cầu công việc cũng như công tác quản lý.