Khoa thi hương năm Quý Mão (1843) ông đỗ cử nhân sau đó được bổ tập sự hành tẩu bộ Hình. Năm 1846, Phan Huân chuyển sang làm Kiểm thảo Viện Hàn lâm cùng trong nhóm biên tập bộ sách “Văn Quy”. Năm 1851, được chuyển ra làm tri huyện huyện Hải Lăng. Năm 1854 làm tri huyện Chương Đức, cuối năm 1854 có chỉ gọi về kinh. Năm 1857, được bố trí sang làm Chủ sự trong Nha đề chính. Năm 1859, trong khi đang coi việc đê điều ở Quảng Bình, ông được điều làm tri phủ Quảng Trạch. Năm 1860, chuyển sang làm Giám sát ngự sử đạo Hà An (An Giang - Hà Tiên), không lâu ông bị điều xuống quân thứ Biên Hoà. Cuối năm 1861, trở ra làm Giám sát ngự sử đạo Tả Kỳ (vùng Bình Định đến Bình Thuận)
Năm 1858, thực dân Pháp đánh chiếm Đà Nẵng mở đầu cho cuộc chiến xâm chiếm Việt Nam, triều đình nhà Nguyễn ký điều ước Nhâm Tuất (5-6-1862) cắt ba tỉnh miền đông Nam Kỳ dâng cho Pháp (Biên Hoà, Gia Định, Định Tường).Việc ký hoà ước Nhâm Tuất cắt ba tỉnh miền đông cho Pháp đã làm cho sỹ phu, nhân dân và những người yêu nước phẫn nộ. Phan Huân là một vị trấn thần của triều đình, nghe thế ông không chịu nổi, ông xác định việc ký hàng ước, cắt đất cho Pháp, ai nắm quyền quyết định là người đó có tội. “Hoà” rõ ràng là hàng, hàng là mất đất, cắt đất cho giặc là bán nước, Phan Huân chỉ trích vua Tự Đức “ Thiên hạ là của thiên hạ, không phải là của bệ hạ mà chuyên giữ lấy một mình” và dâng sớ phải giết Phan Thanh Giản để nghiêm quân lệnh, đuổi Trương Đăng Quế về nhà để ngăn chặn mưu gian”. Triều đình tức giận, khép ông vào tội kháng chỉ và bị cách chức, đuổi về quê. Trở về quê nhà ông luôn giữ tính cương trực, ghét kẻ nịnh thần ham danh lợi ăn chơi phung phí mà không biết đến tình cảnh khôn đốn của người dân. Ông bí mật liên hệ với các sỹ phu yêu nước tập hợp lực lượng chuẩn bị kháng pháp, việc chưa thành thì ông lâm bệnh và mất lúc 48 tuổi, thi hài ông được nhân dân và con cháu trong dòng tộc táng tại xứ Cồn Đầu.
Hiện nay họ Phan – Hồng Lộc còn lưu giữ được một số chiếu chỉ của Phan Huân: Bằng cử nhân - Thiệu trị năm thứ 4 (ngày 6/6); Phong Hàn lâm viện kiểm thảo suy biện- Thiệu trị năm thứ 6 (ngày 1/7);Hàn Lâm viện kiểm thảo suy biện bổ nhiệm tri huyện huyện Hải Lăng - Tự Đức năm thứ năm (ngày 1.4);Từ tiếm ra Hà Nội lại về Quảng Trị - Tự Đức năm thứ 7(ngày 13/11); Phong quản các viện phùng hành công vụ -Tự Đức năm thứ 10 (ngày 7/2); Bị bệnh nặng, chiếu chỉ được tạm nghỉ - Tự Đức năm thứ 12 (ngày 12/7); Chiếu chỉ phong tri phủ Quảng Trạch được thăng hàm Chính lục phẩm; Tại Yên Hà, giám sát ngự sử tiếp thăng thụ hùng ngụ phẩm linh cai đạo giám sát ngự sử - Tự Đức năm thứ 14 (ngày 22/2).
Và sắc phong Tự Đức năm thứ 5 (1852):
Phiên âm: Thừa. Thiên hưng vận.Hoàng đế sắc viết học ưu tắc sỹ tư quân tử chi bản tâm quan duy kỳ nhân nại quốc gia chi thượng điển nhị Hàn lâm viện kiểm Phan Huân tài năng khả lạc hạnh kiểm túc quan tàng tu gia đôn tổ chi công. Bất viên quyết vấn đấu đấu đốc thừa hưu chi nguyện hựu phụ tại liên tư đặc thụ văn lâm lang Hải Lăng huyện tri huyện thượng kỳ phụng hành địch ư quan thường dân dị trước ưu ư chinh độc niệm trâm trẫm mệnh tương thức nhị năng. Khâm tai.
Tự Đức ngụ niên, tứ nguyệt thập nhất nhật (1852).
Dịch nghĩa: Thừa. Mệnh trời.
Hoàng đế ban sắc là một người quân tử có học thức phụng sự quốc gia giữ chức Hàn lâm viện kiểm thảo Phan Huân. Đức - Trí vẹn toàn có công lớn trong viện Hàn lâm. Làm mọi việc nhà vua rất vui lòng được bổ chức văn cẩm lang ở huyện Hải Lăng. Vâng mệnh trẫm, bề tôi cứ thế mà làm. Kính vậy thay.
Tự Đức năm thứ năm, ngày 17 tháng 4 (1852).
Quan ngự sử Phan Huân là nhân vật lịch sử của quê hương, dân tộc nửa đầu thế kỷ XIX. Ở ông đã thể hiện được khí phách, nhân cách của người con xứ Hồng Lam, đã đưa những gì tiếp thu được ở tư tưởng nho giáo vào nội dung giá trị truyền thống của dân tộc mình. Đất nước của vua - ông nói: là của thiên hạ; quyền độc tôn của vua - ông nói: vua không có quyền. Từ cách nói đó ta có thể hiểu ông đã chuyển khái niệm trung với vua thành trung với nước. Đó cũng là những biến đổi quan trọng trong nhận thức của ông cũng như nhận thức chung của các sỹ phu yêu nước, của nhân dân, dân tộc Vịêt Nam nửa đầu Thế kỷ XIX.
Truyền thống yêu nước, bất khuất của quê hương đã tạo cho ông một bản lĩnh: Cương trực, gan dạ, dám nghĩ, dám nói. Tuy mầm mống phản phong trong ông mới vụt sáng, nhưng với tinh thần đó, những năm sau trên vùng đất Nghệ Tĩnh các phong trào Văn thân, Cần vương, Duy tân, Đông du được tiếp nối cho đến lúc công cuộc giải phòng dân tộc chuyển sang một hướng mới, cụ thể là từ phong trào Xô Viết - Nghệ Tĩnh đến Cách mạng tháng Tám năm 1945 đánh đuổi Pháp - Nhật, lật đổ tận gốc chế độ của vua quan phong kiến thì lúc này đúng như quan Ngự sử Phan Huân đã nói “Thiên hạ mới thực sự là của thiên hạ”.
Nhằm tôn vinh những công lao, đóng góp của ông đối với lịch sử phát triển của quê hương, dân tộc, ngày 29 -5-2008 UBND tỉnh Hà Tĩnh đã có Quyết định số 1468/QĐ – UBND công nhận Khu lăng mộ Phan Huân là di tích lịch sử văn hóa
