Dự kiến Mohammed và 2 đồng phạm là Walid bin Attash và Mustafa al-Hawsawi sẽ nhận tội tại ủy ban quân sự ở Vịnh Guantanamo, Cuba, sớm nhất vào tuần tới. Theo các lá thư mà chính quyền liên bang nhận được từ người thân của gần 3.000 người thiệt mạng trong sáng 11/9/2001, các luật sư bào chữa đã đề nghị cho các đối tượng trên được nhận án chung thân để đổi lấy việc nhận tội.
Theo tờ New York Times, trong thư gửi gia đình các nạn nhân của vụ khủng bố 11/9, Công tố viên trưởng, Văn phòng Ủy ban quân sự, Chuẩn Đô đốc Aaron Rugh cho biết: "Để đổi lấy việc tránh bị kết án tử hình, 3 đối tượng đã đồng ý nhận tất cả các tội danh bị cáo buộc, trong đó có tội giết hại 2.976 người được liệt kê trong cáo trạng".
Các quan chức Lầu Năm Góc từ chối công bố ngay lập tức toàn bộ các điều khoản để đổi lấy việc nhận tội.
Việc các đối tượng trên nhận tội diễn ra 16 năm sau khi quá trình truy tố được bắt đầu và hơn 20 năm sau vụ khủng bố. Mỹ coi Mohammed là đối tượng chủ mưu, lên ý tưởng cướp máy bay để tiến hành các vụ tấn công khủng bố. Lực lượng chức năng Mỹ đã bắt giữ Mohammed vào năm 2003. Đối tượng này bị Cơ quan Tình báo trung ương Mỹ (CIA) giam giữ trước khi chuyển đến Guantanamo, nơi đối tượng này và 2 đồng phạm bị giam giữ cho đến ngày nay. Quá trình truy tố, xét xử bị kéo dài liên quan đến các biện pháp thẩm vấn mà lực lượng Mỹ áp dụng đối với các đối tượng này trong thời gian giam giữ.