Ghi nhận 2 biến chủng SARS-CoV-2 lây lan nhanh ở TP Hồ Chí Minh

Hai biến chủng có khả năng lây lan nhanh

Trung tâm kiểm soát bệnh tật thành phố Hồ Chí Minh cho biết, nhóm nghiên cứu COVID-19 của Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới và Đơn vị Nghiên cứu Lâm Sàng Đại Học Oxford đã tiến hành giải mã nhanh bộ gene của SARS-CoV-2 từ bệnh nhân BN4583 cư ngụ tại Quận 7. Bệnh nhân này có liên quan đến BN4514 cư trú tại thành phố Thủ Đức.

Đây là chùm ca lây nhiễm tại cộng đồng ghi nhận hôm 18/5/2021. Kết quả giải mã gene cho thấy BN4583 nhiễm biến chủng B.1.617.2 của Ấn Độ.

Về BN4780 liên quan đến chuỗi lây nhiễm tại Quận 3 ghi nhận hôm 20/5/2021, giải mã bộ gene vi rút cho kết quả nhiễm biến chủng B.1.1.7 của Anh.

Kết hợp kết quả giải mã gene với thông tin dịch tễ có thể khẳng định: Hai bệnh nhân BN4583 và BN4514 có cùng một nguồn lây do biến chủng B.1.617.2 (biến chủng Ấn Độ). BN4780 nhiễm biến chủng B.1.1.7.

Biến chủng B.1.1.7 gây bệnh tại Đà Nẵng và Hà Nam. Hai chuỗi lây nhiễm này do hai biến chủng khác nhau gây bệnh.

Đây là lần đầu tiên thành phố Hồ Chí Minh ghi nhận sự lây nhiễm trong cộng đồng đồng thời của cả hai biến chủng được cho là có khả năng lây lan nhanh.

Nhóm nghiên cứu sử dụng phương pháp giải mã gene bằng kỹ thuật Illumina MiSeq và MinION. Phần mềm lắp ghép bộ gene Genious. Định danh biến chủng bằng phần mềm Pangolin và tìm đột biến bằng phần mềm COV-GLUE.

Kết quả thu nhận được hai bộ gene SARS-CoV-2 từ 2 mẫu RNA đưa vào phân tích. Kết quả định danh bằng phần mềm Pangolin cho thấy: Mẫu từ BN4583 là B.1.617.2, mẫu từ BN4780 là B.1.1.7.

Kết quả xác định đột biến bằng COV-GLUE cho thấy các bộ gene thu nhận chứa các đột biến tiêu biểu của biến chủng B.1.1.7 và biến chủng B.1.617.2 tương ứng.